孙元化官拜登莱巡抚，挂右佥都御史衔（正四品），手握军政大权的准封疆大吏，却在登莱之乱中无所作为，最后被崇祯砍了脑袋，不冤。

登州是明廷重点经营的火器重镇，城中驻有葡萄牙教习炮手，储备大量欧式火炮，然而在孙元化主持下，登州仅十二日便告陷落。

反观莱州，莱州知府朱万年、山东巡抚徐从治率众坚守，孔有德以缴获自登州的数十门红夷大炮围攻长达六月，始终未能破城。

孙元化对孔有德、耿仲明所部辽兵包容过度，感觉孙元化对孔有德是真爱，始终对孔有德有幻想。叛乱爆发后，他始终固执坚持招抚，传令所属州县放弃抵抗，拒绝总兵张可大主动出击的提议，放任孔有德一路劫掠州县、直抵登州城下。

孙元化未能肃清城内潜伏的内奸，直至叛军兵临城下，依旧剿抚摇摆不定，还在寄望于谈判招抚，最终导致耿仲明作为内应开门献城。酿成大祸。孙元化回去后周延儒还试着保下他。不过没保下来。孔有德最开始想拥立他当王。年号都拟好了，叫顺天。

这就是典型技术官员，干不了指挥若定守土保乡的事。让孙元化带人他更不行，可以说是一个十分失败的人。

徐从治、谢琏、朱万年三人遭遇也各不相同，徐从治被阵斩击毙，谢琏、朱万年被小计擒杀，三人皆死。总兵杨御蕃是守住莱州的核心，而杨御蕃能守住莱州，皆因其部下兵丁善用火器，且莱州城本身就参照西洋筑城法修筑炮台，这又和孙元化力倡登莱为西法堡垒有关了

孙元化之所以被提拔就是自己写的几篇小文章和西法党造势。他本人在孙承宗底下的时候，孙承宗压根就对这家伙不放心，都得派人协助他，因为他对虎蹲炮的用法错的离谱，主导铸造西洋大炮，更是三铸三炸，当场丢死个人。