福建船政学堂创办之初，沈葆桢把招生范围定在福建本地。这并不奇怪，船政局设在马尾，当时远途交通困难，就近招生便利许多。但是由于本地生源不足，学堂很快面临招不满的窘境，不得不把目光投向广东、香港等地，一批粤籍少年因此被招入船政。这批粤籍学员虽然在占比不多，但是其中也涌现出了不少近代史中有名的人物，而这其中就包括后来广为人知的邓世昌。
邓世昌考入的是第一届驾驶班，与林泰曾、刘步蟾同窗。他的成绩相当出色，按学业水准，本应是赴英留学的人选。然而留学经费由福建自筹，选拔时籍贯成了第一道门槛，名额全部给了闽籍学员，邓世昌因“非闽省籍”被挡在了门外。
但是由于成绩出色，学堂和船政水师都清楚邓世昌的实际能力非常出色。所以毕业后他先任“琛航”号大副，随后在“海东云”、“振威”、“扬武”等舰担任管带，成为第一期中最早上船的学员之一。到李鸿章筹建北洋水师时，急需有实际管驾经验的人才，邓世昌又因此进入了他的视野。
1880年，李鸿章以“熟悉管驾事宜，为水师中不易得之才”为由，将邓世昌调至北洋。他先后出任“飞霆”、“镇南”两艘蚊炮船管带，随后与林泰曾一同赴英接回“超勇”、“扬威”两舰，成为北洋水师最早执掌主力舰的将领之一。北洋成军后，他出任“致远”舰管带、中军中营副将，在北洋水师的高级将领中，排名仅次于丁汝昌、林泰曾、刘步蟾，可见李鸿章对他的重视。
不过说起来邓世昌“以粤人任管驾”，在北洋海军以闽籍管带为主体的军官群体中显得格外突出，与部分闽籍同僚的关系也并不融洽，却受到李鸿章如此重用。主要原因自然是他过硬的业务能力和丰富的带船经验。但是这或许也有另一层考虑：北洋水师中，闽籍高级将领太多，李鸿章未必没有借重这位非闽籍将领加以制衡的打算。