‌南京高铁枢纽的短板主要集中在南北方向、高标准通道不足、跨省绕行、省内城市通行效率低这四个方面‌，而且这些问题相互叠加，导致南京虽然地处国家高铁网的交汇点，但实际通达效率并不理想。


南北方向通道长期缺失。
南京的高铁网“东西强、南北弱”特征明显。已建成线路基本沿长江东西向分布，包括京沪高铁、沪宁城际、宁杭高铁、南沿江高铁等，而正南正北方向的高铁长期空白。‌‌


‌北向‌：宁淮城际铁路已开工，设计时速350公里，预计2027年与南京北站同步通车，届时将打通南京向北辐射的快速通道，苏北的淮安、盐城、连云港等地接入南京将更顺畅。

‌南向‌：宁宣铁路（南京至宣城）仍处于前期阶段，已纳入国家“十四五”铁路发展规划，建成后将补齐南京“米”字形高铁网的关键南向“一撇”。‌‌


与皖南沟通困难
南京到安徽南部城市至今没有高等级直达通道。以黄山为例，直线距离约200公里，高铁却需绕行约600公里，耗时4小时以上，而开车仅需2小时左右。‌‌


宁宣铁路是解决这一问题的核心工程，它将纵向打通沪宁、合杭、杭黄3条高铁，串联皖南与南京，未来可经黄山接驳昌景黄高铁南下南昌、景德镇方向。


宁杭铁路二通道也在规划中，拟经溧水、高淳、郎溪、广德、安吉，强化宁杭间的第二客运通道，目前处于前期研究阶段。‌‌

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去江西、湖南方向绕行严重。
南京到南昌、广州、深圳等南方城市，目前要么东绕杭州，要么西经武汉接入京广高铁，耗时较长。有网友调侃，南京到赣州的高铁甚至先直奔上海，再沿海一路南下，绕行三个省。‌‌


根本原因是沿江方向缺少高标准通道：宁安城际仅250公里/小时，且池州至九江段没有高铁，无法形成顺直的沿江快速通道。

未来宁宣铁路建成后，经黄山接昌景黄高铁，可形成南京—黄山—南昌的顺直通道，大幅改善去江西及珠三角方向的出行效率。‌‌


高标准线路占比偏低。
南京枢纽内多条既有线路标准不高，影响整体路网效率：‌宁安城际‌：设计时速250公里，是南京向长江上游布线的重要线路，但无法与合福高铁互联互通，南下通道作用受限，利用率一般。

‌合宁铁路‌：设计时速250公里，2008年开通，曾降速至200公里/小时运营，2018年恢复至250公里/小时。作为宁合间主要通道，已超负荷运行，节假日票源紧张。
‌南京南站接发能力逼近极限‌：新建线路接入空间有限，制约了增开跨线车次的能力。‌‌


苏北方向缺少直达支撑。
南京与苏北城市之间的铁路联系长期薄弱。目前盐城到南京的高铁需绕行淮安，经徐盐高铁转连镇高铁再接沪宁通道，虽然宁盐联络线已让两地进入两小时圈，但路线依然“贴着淮安走”，不够顺直。‌‌宁淮城际建成后，苏北几座城市去南京会多一条更顺的跨线通道，盐城走徐盐、借宁盐联络线、再上宁淮，能少拐一个大弯。

南京到宿迁存在与到盐城一样绕行的问题，南京作为省会城市到省内城市的铁路通行因线路规划先天不足和整体铁路建设滞后导致效率非常低。南京北站枢纽工程（计划2027年与北沿江高铁同步通车）将引入宁淮城际、北沿江高铁、宁滁蚌城际等，形成“十廊放射”格局，届时苏北、皖北方向接入能力将大幅提升。‌‌

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南京已意识到这些问题并加快布局。南京北站建成后，将与南京站、南京南站形成“三主一辅”枢纽格局，直通5个方向线路，形成以南京为中心到省内所有设区市的“1.5小时高铁交通圈”。‌‌