1592年丰臣秀吉统一日本，为安置武士借道朝鲜图谋大明，遭拒后大举侵朝，朝鲜向明朝求援。万历虽久未临朝，依旧毅然出兵。1593年李如松攻克平壤，重创日军。双方和谈破裂后，1597年日军再次进犯。

1598年丰臣秀吉病逝，日军仓促撤退，爆发露梁海战。明将邓子龙、朝鲜李舜臣壮烈殉国，日军惨败。经此六年战事，日军出征二十余万，生还不到半数，丰臣家实力耗尽，最终走向覆灭。德川幕府上台后实施锁国两百余年。万历朝鲜之役挫败日本对外扩张野心，也让日本对万历心存忌惮。