万历十一年（1583年）二月，努尔哈赤的祖父觉昌安、父亲塔克世在古勒城兵乱中遇害，时年二十四岁的努尔哈赤得知噩耗后，立即赶赴明军驻地，当面向辽东官兵质问父祖被杀的缘由。

努尔哈赤厉声质问明朝边吏：“我祖、我父无罪，何故被杀？”明朝官方最终核实，觉昌安、塔克世确系被明军误杀，并就此致歉，同时做出三项处置：一是归还觉昌安、塔克世的遗体；二是赐予努尔哈赤敕书三十道、马三十匹；三是准许他承袭建州左卫都指挥使一职。

努尔哈赤认定，父祖之死的直接诱因，是图伦城主尼堪外兰为邀功暗中唆使明军攻寨，因此坚持要求明廷将尼堪外兰交出，由自己亲自处置，但这一要求被明朝边将直接拒绝。

此时明廷为制衡建州女真，决意扶持尼堪外兰节制各部，甚至公开放言，要立尼堪外兰为“建州诸部之主”。凭借明廷的撑腰，尼堪外兰声势大振，建州女真各部纷纷归附；就连爱新觉罗宗族内的远支亲族，也畏惧明廷与尼堪外兰的势力，刻意疏远努尔哈赤，他一度陷入家族孤立、四面无援的境地。

万历十一年（1583年）五月，努尔哈赤以父祖遗留的十三副铠甲集结部众，《满洲实录》记载其起兵时“兵不满百，甲仅十三”，他以复仇为名正式起兵，首个目标便是直指尼堪外兰盘踞的图伦城。

起兵之初，努尔哈赤与萨尔浒城主诺密纳、妹夫噶哈善·哈斯虎等人结盟，约定合兵一同攻打尼堪外兰占据的图伦城。

但努尔哈赤的族叔龙敦，不愿与得到明军支持的尼堪外兰开战，极力劝说诺密纳放弃出兵。诺密纳最终背盟违约，不仅拒绝参战，还暗中派人向尼堪外兰泄露了努尔哈赤的行军军情，甚至公然阻拦努尔哈赤招抚周边部族。

努尔哈赤不顾兵力单薄，率本部人马独自进攻图伦城。尼堪外兰无心抵抗，率众弃城逃往嘉班城，努尔哈赤顺利攻克图伦城，拿下了起兵后的第一战。

此战后，努尔哈赤将图伦城纳入版图，收编当地部族人口，兵力与地盘实现首次实质性扩张。

万历十一年八月，努尔哈赤整军进攻嘉班城，尼堪外兰再次不战而逃，一路奔至抚顺关口附近的鹅尔浑城驻扎，依托明朝边墙寻求明军的直接庇护。

此时，此前背盟的诺密纳依旧占据萨尔浒城，屡次阻挠努尔哈赤追击尼堪外兰，截留其粮草兵马，公开与他为敌，成为努尔哈赤复仇路上最大的内部障碍。

万历十二年（1584年）正月，努尔哈赤设下计策，假意邀约诺密纳与其弟奈喀达联合出征翁科洛城，趁二人解除武装，毫无防备之际，当场将其诛杀，随即攻占萨尔浒城，收编了对方的部众与粮草。

萨尔浒城是苏克素护河流域的战略重镇，吞并此地是努尔哈赤势力扩张的关键节点，他以此为核心据点，彻底掌控苏克素护河流域全域，借复仇的大义之名，完成了建州左卫内部的势力整合，兵马、粮草、地盘均成倍扩充。

复仇只是明面的旗帜，扩张才是暗藏的棋局。此后两年间，努尔哈赤始终以追击尼堪外兰、为父祖复仇为旗号，陆续征讨苏克素护河流域不肯归附的章甲、尼玛兰、章佳等村寨部落，整顿兵马、扩充实力。

这一系列行动，让他彻底扫清了建州内部的异己势力，兵甲粮草齐备，为最终擒杀尼堪外兰、掌控建州女真做好了全部准备。

万历十四年（1586年），努尔哈赤亲率大军进攻鹅尔浑城。攻城时他身先士卒，被敌军箭矢射中肩部，箭矢贯甲而入，仍强忍伤痛坚持指挥作战，最终一举破城。

城破之后，尼堪外兰趁乱逃脱，直接进入明朝抚顺边堡之内躲避，再次寻求明军庇护。努尔哈赤随即遣使前往明边，强硬要求明朝交出尼堪外兰。

此时明廷已看清局势：努尔哈赤势力已成，难以轻易压制，不愿因一个失势的尼堪外兰与其爆发边境冲突，于是放弃了对尼堪外兰的保护。

明廷并未直接将尼堪外兰绑送出境，而是将其安置于边堡之中，允许努尔哈赤的部众进入明境自行处置。努尔哈赤命部将斋萨（亦作斋沙）率四十名精锐士兵进入边堡，将尼堪外兰擒获后当场斩杀。

至此，从万历十一年父祖被杀算起，历时三年有余，努尔哈赤不仅完成了为父祖复仇的核心目标，更借着复仇的大义名分，清除内部异己、兼并部落地盘、收拢建州人心，为日后统一女真各部、建立后金政权，埋下了最关键的伏笔。