1955年大军区重新划分之后，南京军区管辖江苏、浙江、安徽、福建、江西五个省军区，防区辽阔，战线过长。而福建直面台湾海峡，国民党军队持续对东南沿海进行袭扰，台海属于高强度战备前线，指挥任务繁重。
1956年，南京军区向军委提议拆分，彭德怀向中央提交请示。同年4月，国务院正式下令：把福建、江西从南京军区划出，单独设立福州军区，机关驻福州，专门统筹对台海防、渡海作战、沿海反袭扰任务，实现前线指挥快速响应。福建作为作战前沿，江西充当战略纵深，二者划为一体，不再由远在南京的机关兼顾指挥，战备效率大幅提升。到1985年百万大裁军，两岸局势缓和，福州军区重新并入南京军区。