智能作战系统的发展带来诸多挑战。从技术层面看，系统的稳定性和可靠性是大问题。就像美军虽加速人工智能技术融合，但复杂战场环境下，系统可能因干扰、故障而失灵，影响态势感知和决策。
伦理道德方面也充满挑战。智能作战系统可能自主决定攻击目标，这模糊了战争责任界限，一旦造成无辜伤亡，谁来负责成难题。
国际安全上，其发展可能打破军事平衡。各国发展水平不同，先进的智能作战系统会让一些国家在军事上占据优势，引发军备竞赛，威胁国际和平与安全。 另外，智能作战系统的发展还面临着数据安全的挑战。这些系统高度依赖大量的数据来进行学习和决策，一旦数据被窃取、篡改或泄露，后果不堪设想。黑客有可能通过攻击智能作战系统的数据链，获取关键情报，或是误导系统做出错误的判断和决策，使己方作战陷入被动。
同时，人才缺口也是一大挑战。智能作战系统的研发、操作和维护需要大量既懂军事又掌握先进信息技术的复合型人才。然而，目前这类人才极度匮乏，培养过程周期长、难度大。这就导致在实际应用中，可能因人员操作不当或维护不善，影响智能作战系统性能的发挥。
而且，公众接受度也是需要考虑的因素。随着智能作战系统更多地出现在战争中，公众对于这种缺乏人类情感和判断力的作战方式可能会存在担忧和抵触情绪。这可能会引发社会舆论压力，对政府的军事决策产生一定影响。总之，要推动智能作战系统的健康发展，必须妥善应对上述种种挑战。