1946年，国防部里面，何应钦在食堂排队买饭。1946年4月，何应钦任重庆行营主任。6月1日，国民政府撤销军事委员会，成立国防部。以陈诚出任国防部参谋总长，实际代替何应钦掌握指挥陆海空军的军政大权，何应钦则被解除参谋总长及陆军总司令职务，奉派为联合国安全理事会军事参谋团中国代表团团长。1948年任国防部长、行政院长。