吴石早年从保定军校毕业，之后编写军事书籍，在军校里传开。陈诚晚几年进校，读过那些书，后来带兵时还向属下推荐。抗战后期，吴石在军令部任职，陈诚负责第六战区，两人开会时常讨论作战计划，互相认可对方的军事看法。私下里也聊过部队补给的事，形成一种工作上的默契。

1950年3月，蔡孝乾的记事本被发现，里面有吴石的名字，特务就把吴石和妻子王碧奎抓起来。审判由三位上将负责，他们觉得吴石抗战时有功劳，建议判死缓。蒋介石看到报告后，直接革了三位上将的职，自己签了处决命令。特别军事法庭只走了几天，就定了死刑，没给吴石找辩护律师的机会。

1950年6月10日，吴石在台北马场町刑场被枪决。那天消息传开，陈诚办公室里得到通报，从那以后他在公开场合不提吴石的事。日记里只记了一句关于吴石家属无辜。别人劝他向蒋介石求情，他没去，觉得那时求情没用，还可能把自己牵扯进去。

吴石案是蒋介石亲自定的，牵扯到情报传递，陈诚知道情况复杂。吴石之前传递过军事情报，包括国防部署和台湾要塞图，这些情报对对岸有价值。吴石没正式加入共产党，但支持解放事业。1949年他带家人到台湾，意图潜伏帮忙收集情报和策反。

吴石被抓后，妻子王碧奎判了几年刑。陈诚在她的案卷上批了家属无涉，暂缓羁押，向审判官强调吴石的事是个人行为，家属没参与情报。几个月后，王碧奎放出来，家里东西被抄光，没地方住。陈诚让副官用化名安排住房，每月从办公费里拨一些钱，够一家人过日子。

吴石女儿吴学成那时刚辍学，在工厂打工。陈诚知道后，让妻子以教会名义联系工厂，把她调到办公室做文书，还帮她报夜校继续学业。儿子吴健成年纪小，到上学时，陈诚联系学校，用化名办入学手续，副官送去学费和校服。这些事做得隐秘，陈诚家里人都不清楚，所有文件用化名，副官单独记账防出错。

蒋经国那时管军队政工和反谍，跟陈诚不同系统，但对这些救助没阻拦。陈诚明白，吴石案定调后，公开帮会惹麻烦，可能被扣上通敌帽子，影响台湾的减租和币制改革，那些事关经济恢复。

吴石案涉及朱枫、陈宝仓、聂曦等人，他们一起被抓。朱枫在舟山被捕，吞金自尽未遂，后送台北。吴石在狱中写绝命诗，表达对结局的感慨。那些年台湾抓了很多涉嫌情报案的人，吴石案是其中一件大的。

陈诚继续推动台湾土地改革和经济措施，同时私下护吴石家属。吴学成后来出国留学，吴健成长大后工作。陈诚没公开承认这些事，直到1965年他病逝前，把副官吴荫先叫来，交给一封密封信，说如果吴石家人有难处，就转给他们。

这封信藏了多年。2000年，台湾国史馆解密吴石案档案，吴健成找到吴荫先，拿到信。信里陈诚写道，当年没能为吴石求情，是他一生的遗憾，只能尽力护家属作为补偿，希望他们平安过日子，不想过去的事。

吴石的骨灰后来运回大陆，安葬在北京。台北马场町现在有纪念广场，吴石名字在那。陈诚故居展出一些账本，记录那些化名支出，成为那段事的证据。吴石传递的情报包括五百箱机密文件，其中部分献给解放军，帮助解放泉州厦门等地。这事被查出，成为定罪依据，连周至柔都不敢帮。