义熙九年（413年）二月，也就是在朱龄石征蜀大军离开江陵向西进入三峡的同时，刘裕也率军离开江陵向东返回建康。在刘裕离开建康这近半年的时间里，东晋朝廷的日常事务都由留守建康的豫州刺史、新淦县公、持节都督、前将军诸葛长民主持。作为建义功臣集团的三号人物，诸葛长民这些年来一直在培植自己的势力并囤积了巨额的财富，他骄纵贪侈，广占地产，民愤很大。此外，诸葛长民还有几个比较厉害的兄弟，二弟诸葛黎民官至辅国大将军，位居二品（晋制，诸大将军为二品），幼弟诸葛幼民则是大司马参军，堂弟诸葛秀之也是四品宁朔将军，几个兄弟联手在建康形成了一股庞大的黑恶势力。另外当年卢循之乱，诸葛长民曾与孟昶一同反对晋安帝坚守建康，显然他对刘裕做老大也是不服气的。这些年来，刘裕也一直在找机会除掉诸葛长民，只不过首恶刘毅未除，所以还不得不还对他加以笼络。

而等到刘毅被刘裕除掉，诸葛长民就有点害怕了，对下属叹说：“昔年醢彭越，前年杀韩信，祸其至矣！”诸葛长民的二弟诸葛黎民不仅贪财好利，且骁勇好斗，跟刘裕、刘毅一样是从来不服输的性格，于是力劝诸葛长民趁刘裕还没回来赶紧造反：“黥彭（即英布彭越）异体而势不偏全，刘毅之诛，亦诸葛氏之惧，可因（刘）裕未还以图之。”诸葛长民也明白这个道理，但又自感不是刘裕的对手，权衡再三不能下决心，于是又叹道：“贫贱常思富贵，富贵必履机危。今日欲为丹徒布衣，岂可得也！”事实上，自打当年诸葛长民跟着刘裕、刘毅铤而走险反桓玄，博得这场大富贵之后，就患上了严重的梦游症，他常常在半夜三更睡得好好的时候，突然莫名其妙从床上跳下来，然后拳打脚踢，好像是在和什么人搏斗，醒来后就说是梦到一个怪物要抓他。他还经常疑神疑鬼，说他房间里有蛇头、有巨手，拿刀去砍，却什么也没有。其患得患失、担惊受怕之心理，真是可恶又可怜。

抱着一丝希望，诸葛长民找到刘裕的心腹刘穆之，打探风声：“人间论者谓太尉与我不平，其故何也？”刘穆之安抚他说：“相公西征，老母弱弟委之将军，何谓不平！”

人总是相信自己愿意相信的东西，听了刘穆之的安慰话，诸葛长民稍微没有那么焦虑了，也许，事情没那么糟吧，刘裕没那么狠吧，大家没必要闹到那一步吧！

但诸葛黎民却是一个更加现实的人，他仍一直劝诸葛长民造反，造反还有一条活路，不造反就死定啦！

诸葛长民还是犹豫，光凭他们兄弟几个肯定打不赢刘裕，但如果北府军元老、北青州刺史刘敬宣能跟自己联手那就不一样了，于是写了一封语义含糊的信给刘敬宣，说：“盘龙（刘毅小字）狠戾专恣，自取夷灭。异端将尽，世路方夷（天下马上就要太平了），富贵之事，相与共之。”刘敬宣一下子就听出了诸葛长民的弦外之音，但他一生跌宕起伏、深受权争之害，他对诸葛长民所谓“富贵”不仅看淡，而且厌恶，于是回信说：“下官自义熙以来，忝三州、七郡（刘敬宣历任三州刺史、七郡太守），常惧福过灾生，思避盈居损。富贵之旨，非所敢当。”他同时还将二人通信的情况密报了荆州的刘裕。刘裕获悉后非常欣慰：“阿寿（刘敬宣字万寿）故为不负我也。”

诸葛长民的这些异动也引起了刘穆之的担忧，他并不怕诸葛兄弟起兵造反，因为就他们那点儿兵还不够看，只要刘裕顺利归来，他们翻不起什么浪花！就怕诸葛长民特别是骁勇好斗的诸葛黎民铤而走险，收买死士在半路行刺刘裕，那可就糟糕了。

太尉府行参军（注1）何承天，是当时有名的天文历法星象占卜的专家，刘穆之于是问他：“公今行济否？”

何承天说：“荆州不忧不时判，别有一虑耳。公昔年自左里还入石头（指刘裕当年讨伐卢循凯旋回建康在石头城码头登陆），甚脱尔（随行警卫很薄弱）；今还，宜加重慎。”

刘穆之点头认同：“非君，不闻此言。”随即写了一封信给刘裕，告诫他回来路上一定要小心戒备云云。

刘裕当然也知道诸葛长民有铤而走险的可能，但他此时还距离建康二千里之遥，为今之计还是先稳定诸葛长民的情绪。刘裕太了解他这位老兄弟了，诸葛长民还是很怕自己的，只要给他机会苟安，他多半还会苟安。

于是，刘裕就想派一个亲信先行回京，以示自己对后方形势非常放心。刘裕的长史王诞自告奋勇愿往，并表示：“长民知我蒙公垂盼，今轻身单下，必当以为无虞，乃可以少安其意耳。”王诞出身琅琊王氏，是正宗的高门甲族名士，这种人往往聪明而无胆略，今日如此表现，确实让刘裕眼前一亮，不由大赞道：“卿勇过贲、育矣！”于是王诞不带一兵一卒，单船回到了建康，看到这种情况，诸葛长民焦虑急躁而蠢蠢欲动的心顿时冷却了很多。

义熙九年（413年）二月，在荆州待了快三个月的刘裕开始安排西征部队返回京师，一波一波运送军事物资与士兵的大船顺流而下，回到建康。可刘裕自己的到达日期却一再推迟。诸葛长民每有船到就率文武百官去新亭码头迎候，却一次次被来船告知刘太尉还在后面一波，后面又后面，后面又后面，诸葛长民慢慢的就失去了警惕。

二月三十日这天夜晚，刘裕突然乘坐一叶轻舟从秦淮河悄悄回到东府城（建康宰相府）。建康城中无人知晓。

第二天一早，诸葛长民才知道刘裕已经回京，仓促之间不及细想，急往东府晋见。这个时候，诸葛长民已经相当于将自己的命交在了刘裕的手里，他认输了，他侥幸了，他只希望刘裕能够念在老兄弟一场，放过他这一家的性命。

当诸葛长民惴惴不安见到刘裕的时候，刘裕却仿佛二人之间从无隔阂一般拉起他的手，屏退左右，与他促膝长谈。这次谈话，说话的主要是刘裕，诸葛长民几乎都插不上嘴，只听得刘裕将自己这一生隐秘的痛苦、无人可诉的辛酸、心灵的脆弱一面乃至一些尴尬的糗事都倾诉了出来。这些掏心窝子的话，刘裕从来没有告诉过别人，哪怕他的妻子臧爱亲、小弟刘道规、心腹刘穆之等人都不知道，这次怎么都跟诸葛长民说了呢？

刘裕平常是一个很沉默的人，沉默得即使在本传当中也没说过几句话，且多是一些军政大事，从来没有披露过自己的内心世界，所以他总体给人的印象就是人狠话不多，与性情张扬的曹操是完全两类人。但这一天，闷骚了半辈子的刘裕突然之间非常感慨，当初和他一起以微弱的兵力干翻强大桓玄的一干老兄弟们，如今要么已经死了，要么已经成为他忠诚的手下，真正平起平坐的朋友是一个也没有了！而一个人没有朋友是很痛苦的，很多话憋在心里只能跟自己说，这种人上人的日子其实也没有多美妙。刘裕毕竟是草莽出身，他怀念从前可以自由放言的日子，所以他愿意与诸葛长民这位昔日老友与今日的罪人仇敌说这一番最后的交心话，说完，就必须与往日告别，成为一个彻底的政治动物了，所以刘裕感慨，刘裕悲伤，刘裕一定要一吐而快！

诸葛长民很高兴，还以为刘裕真的拿他当“知心弟弟”，从此自己可以安枕无忧快乐无边了。两个人两种释然的心情交织在一起，再加上回忆杀的氛围感拉满，一时间，空气中都弥漫着轻松与愉悦，四目相对，爽朗大笑。

下一个瞬间，笑声戛然而止，杀气突然弥漫开来，刘裕脸色转冷，掉头就走。诸葛长民不明所以，笑容逐渐消失。就在这时，从帷幔后面突然转出一个身材魁梧的壮汉，一把将他从座位上拉下来掀翻在地，随后几拳将其活活打死。

这位壮汉正是刘裕的亲信武士丁旿，他躲在帷幔后面已经等得很不耐烦了，现在，总算完成了任务。老板真是啰嗦！

接着，诸葛长民的尸体被抬到车上送到廷尉府，依法作出判决。这是符合法律程序的，刘裕拥有假黄钺的权限，可以先斩后奏杀掉节将。随后，诸葛兄弟也被逮捕处死，诸葛黎民骁勇绝人，悍然拒捕，与前来抓捕的士兵苦斗至死。而诸葛幼民则逃入山中，追擒戮之。诸葛秀之则束手受戮。

与被刘裕清洗的其他政敌相比，诸葛兄弟被诛最为大快人心，百姓们甚至都恨他们被杀的太迟了。就连打死诸葛长民的丁旿的骁武也一时出了名，在豪族与官员之间流传开一句民谣：“勿跋扈，付丁旿。”

注1：参军与公府辟召掾属相异，由中央任命，如果府主独自任命则为行参军。何承天是一个天文历法专家，其实并不懂得军事，刘裕召他入职太尉府，应该就是一个顾问的性质。